В январе 2007 года на базе отделения лечения острых эндотоксикозов была создана группа трансплантации почки. Команда оказывала трансплантологическую помощь пациентам с терминальной почечной недостаточностью.
С апреля 2007 года институт включен в перечень учреждений здравоохранения, осуществляющих трансплантацию донорских органов. Уже 2-го мая 2007 года специалисты института успешно провели 2 пересадки почки. С увеличением количества трансплантаций вырос и состав высококвалифицированных специалистов.
В 2008 году выполнена первая сочетанная трансплантация почки и поджелудочной железы. Частота и успешные результаты операций способствовали созданию полноценного отделения. Отделение трансплантации почки и поджелудочной железы открыли в июле 2011 года в западного флигеле (корпус № 2) Странноприимного дома графа Шереметева. Незадолго до этого памятник архитектуры начала XIX века был реконструирован и переоснащён.