Почечная функция. При каждой сдаче анализов необходимо проверять креатинин и концентрацию такролимуса (или циклоспорина) и эверолимуса, поскольку риск нефротоксичности возрастает при высоких концентрациях. Чтобы уменьшить вероятность развития нефротоксичности необходимо исключить воздействие слишком высокой концентрации, особенно при наличии факторов вариабельности (см. статьи Такролимус. Факторы, влияющие на концентрацию и Циклоспорин. Факторы, влияющие на концентрацию). Кроме того, очень важно поддерживать оптимальный водный баланс и не допускать обезвоживания. Также, желательно избегать применения других нефротоксичных препаратов (фторхинолоны, аминогликозиды, амфотерицин В, фоскарнет и др).

Протеинурия. При приеме эверолимуса необходим регулярный мониторинг белка мочи, периодическое исследование суточной протеинурии, особенно у пациентов с анамнезом протеинурии или снижением почечной функции.

Нарушение заживления ран. Эверолимус нарушает процесс образования новых сосудов, что необходимо для правильного заживления раны. Поэтому перед хирургическим вмешательством практикуется отмена эверолимуса с последующим возвратом к приему после снятия швов. 

Дислипидемия. Эверолимус может приводить к повышению холестерина ЛПНП и ЛПОНП и триглицеридов. Препаратами выбора для лечения дислипидемии являются статины.

Общий анализ крови. Эверолимус может вызывать снижение гемоглобина, лейкоцитов и тромбоцитов, поэтому необходим регулярный мониторинг общего анализа крови.

Инфекции. Эверолимус является иммуносупрессивным препаратом, поэтому при его приеме показана профилактика инфекционный осложнений так же, как и при применении других иммунодепрессантов, скрининг инфекций и туберкулеза.

Онкологические заболевания. Применение эверолимуса повышает риск развития онкологических заболеваний, особенно  новообразований кожи. Необходимо защищать кожу от солнечных и ультрафиолетовых лучей с помощью одежды и солнцезащитных кремов с высоким значением защитного фактора. Нужно исключить факторы онкологических заболеваний: курение, алкоголь, ожирение. Также необходимо регулярно проходить профилактические осмотры и обследование: осмотры кожи и лимфоузлов, полости рта, мазки с шейки матки. Для реципиентов, имеющих факторы риска онкологических заболеваний других органов, к скринингу добавляются такие исследования как гастроскопия и колоноскопия, КТ органов грудной клетки.

Тератогенность. Применение эверолимуса противопоказано во время беременности. Женщинам репродуктивного возраста необходимо применять эффективные методы контрацепции. Эверолимус может влиять на количество и качество сперматозоидов.