Лекарства от мочевой инфекции у реципиентов могут применяться в двух режимах: профилактическом и лечебном. 

Профилактика нужна только после трансплантации почки. Всем реципиентам почки рекомендуется приём триметоприм-сульфаметоксазола 1 раз в день минимум 6 месяцев после трансплантации.

Лечение мочевой инфекции у реципиентов всех органов должно назначаться только на основании результатов посева мочи. То есть, универсального антибиотика для реципиентов нет. Это обусловлено тем, что спектр микроорганизмов, способных вызвать мочевую инфекцию, очень широк и включает обычных возбудителей инфекций мочевыводящих путей, нетипичные микроорганизмы и  устойчивые к множеству препаратов микроорганизмы. Такое разнообразие означает, что выбор препарата должен быть строго обоснован анализом, учитывая, что мочевая инфекция на фоне иммуносупрессии может протекать тяжелее, чем при полноценном иммунитете. 

Если бактерии в моче обнаружены при случайном анализе без симптомов (асимптомная бактериурия), то лечения это не требует. Лечение бессимптомной бактериурии у реципиентов почечного трансплантата увеличивает размножение устойчивых к антибиотикам микроорганизмов, не принося явной пользы, и его следует избегать на сроках более 2 месяцев после трансплантации.

При пиелонефрите почечного трансплантата необходима госпитализация и начальное лечение внутривенными антибиотиками. В первые 4–6 месяцев после трансплантации почки необходимо интенсивное лечение из-за высокого риска осложнений.

Таким образом, реципиентам почки рекомендуется профилактика мочевой инфекции триметоприм-сульфаметоксазолом минимум полгода, серьёзный подход к лечению пиелонефрита с госпитализацией и внутривенной антибиотикотерапией и не рекомендуется лечить бессимптомную бактериурию.