После поступления в стационар начинается подготовка к пересадке. Она состоит из обследования,  оформления документов и, при необходимости, клизмы. 

Непосредственно перед трансплантацией пациенту назначается обследование для исключения абсолютных противопоказаний и уточнения актуального состояния. Кандидаты на трансплантацию, наблюдающиеся в листе ожидания, регулярно проходят обследование. Однако, с момента проведения последних анализов могут появиться новые заболевания и осложнения. Даже если они не являются противопоказанием к пересадке, врачам должно быть известно максимальное количество информации о состоянии пациента, который идет на операцию. Кроме того, необходимо определение группы крови и резус фактора, а также определение совместимости донора и реципиента с помощью реакции кросс-матч. Поэтому при поступлении в стационар на пересадку от посмертного донора и за несколько дней до выполнения трансплантации от живого донора обновляется обследование реципиента. 

Минимальное необходимое обследование включает в себя: 

• Анализы крови

1. Общий анализ крови
2. Биохимический анализ крови с определением показателей функции печени, почек, уровня глюкозы, общего белка.
3. Коагулограмма (для кандидатов на пересадку печени обязательно)
4. Сыворотка на кросс-матч
5. Группа крови, резус-фактор

• Инструментальные методы обследования

1. Рентгенография органов грудной клетки
2. ЭКГ

• Осмотр врача-трансплантолога (терапевта или хирурга). Врач выясняет жалобы, собирает анамнез (обсуждает с пациентом историю основного заболевания, сопутствующих болезней, операций, применения лекарств и реакций на них и т.д.), осматривает пациента и измеряет артериальное давление и пульс. 

• Осмотр анестезиолога. Врач-анестезиолог выясняет анестезиологический анамнез: проводилась ли пациенту общая или местная анестезия, как он ее переносил и есть ли аллергия на анестетики. 

• Дополнительное обследование проводится при наличии показаний. Оно может включать УЗИ, КТ, ЭхоКГ и другие методы, результаты проведения которых важны перед трансплантацией. При проведении плановой пересадки от живого родственного донора дополнительное обследование проводится или амбулаторно перед госпитализацией или в стационаре после поступления.

После проведения этих обследований пациенту предлагают прочитать, задать вопросы и подписать формы информированного согласия на проведение медицинских манипуляций, процедур и вмешательств.

Далее следует процедура очищения дистальных отделов толстой и прямой кишки с помощью клизмы. Это бывает нужно при пересадке печени и почки. 

После того как подготовка завершена пациенту остается дождаться сигнала о том, что пора начинать операцию. Перед подачей в операционную надевают компрессионный трикотаж, для профилактики тромбообразования в венах нижних конечностей. Это время зависит от многих факторов, включая время приезда донорского органа. Пациента доставляют в операционную, где его встречает анестезиологическая бригада, которая дает анестезию и начинается операция.