Пересадка почки является методом заместительной почечной терапии, поэтому по сути показаний к пересадки всего два: хроническая болезнь почек 4-5 стадии и удаление обеих почек в связи с опухолью. 

Исследования показывают, что трансплантация почки увеличивает продолжительность и качество жизни пациента по сравнению с диализом. Пациентов, неуклонно движущихся к терминальной ХПН, рекомендуется рассматривать в качестве кандидатов на трансплантацию при снижении скорости клубочковой фильтрации ниже 30 мл/мин/1,73 м2. Исключением являются те, у кого есть противопоказания к пересадке. В идеале проконсультироваться у трансплантолога за 6-12 месяцев до ожидаемого начала диализа. В этом случае можно рассматривать додиализную пересадку, дающую определенные преимущества для пациента.

К терминальной стадии почечной недостаточности у взрослых чаще всего приводят следующие хронические болезни:

• Сахарный диабет
• Гипертоническая болезнь
• Хронический гломерулонефрит
• Поликистоз почек
• Врожденные аномалии развития мочевыводящей системы
• Пиелонефрит
• Обструктивная уропатия
• Болезнь Альпорта
• Рефлюксная нефропатия (заброс мочи из мочевого пузыря в почки)
• Интерстициальный нефрит
• IgA-нефропатия
• Синдром Гудпасчера
• Гемолитико-уремический синдром
• Токсичность лекарственных и других веществ
• Тромбоз или эмболия почечных артерий
• Серповидноклеточная нефропатия

У детей основные  причины терминальной стадии почечной недостаточности это:

• Очаговый сегментарный гломерулосклероз
• Хронический гломерулонефрит
• Врожденные аномалии развития мочевыводящей системы
• Другие

Некоторые из этих болезней рецидивируют в почечном трансплантате, например IgA-нефропатия, некоторые гломерулонефриты. При других болезнях сохраняется риск поражения почки после пересадки так же, как и собственных почек до нее, например, при сахарном диабете. Однако рецидивы возникают не у всех пациентов и, чаще всего, спустя длительное время. В целом, улучшение качества жизни пациентов после трансплантации оправдывает ее использование в качестве метода выбора, несмотря на риск поражения трансплантата при основном заболевании.