Пересадка печени является единственным радикальным методом лечения в тех случаях, когда другие методы бессильны. Все состояния, при которых в качестве лечебной опции применяется трансплантация печени, можно разделить на 3 типа: 

• нарушение функции печени 
• осложнения болезней печени, несущие риск для жизни на фоне сохраненной функции печени
• болезни, не влияющие на работу печени, но вызывающие осложнения со стороны других органов или сильно ухудшающие качество жизни пациента

Чаще всего пересадку делают по первым двум причинам. К ним относится цирроз печени с печеночно-клеточной недостаточностью, которому может сопутствовать асцит, отеки, печеночная энцефалопатия и другие осложнения, а также острая печеночная недостаточность. К циррозу печени может привести хронический гепатит разных этиологий, хроническое поражение желчных протоков, крупных и мелких, рецидивирующие тромбозы вен печени, генетические болезни, приводящие к нарушению выведения меди, железа и другие причины. Наиболее распространенными причинами цирроза печени являются:

• вирусный гепатит С
• вирусный гепатит В и D
• алкогольная болезнь
• неалкогольная жировая болезнь печени
• аутоиммунный гепатит
• первичный билиарный холангит (цирроз)
• первичный склерозирующий холангит
• вторичный холангит
• болезнь Вильсона-Коновалова
• гемохроматоз
• дефицит альфа-1 антитрипсина
• синдром Бадд-Киари
• синдром Аладжилля
• билиарная атрезия

В результате длительно текущего воспаления на месте погибших клеток печени остаются микрорубцы из нефункционирующей соединительной ткани. Когда этой ткани становится слишком много, нарушается работа печени. Это проявляется симптомами печеночно-клеточной недостаточности: асцитом и отеками, желтухой, нарушением свертывания и одновременной склонностью к тромбозам (особенно воротной вены). Кроме того, при циррозе нарушается кровоток через печень, что приводит к повышению давления в воротной вене (портальной гипертензии) и расширению вен пищевода, желудка, геморроидальных вен. 

У некоторых пациентов сначала проявляются симптомы портальной гипертензии в виде кровотечений из варикозно-расширенных вен пищевода. Современные методы их профилактики и лечения достаточно эффективны и широко применяются, но, если, несмотря на это, кровотечения продолжаются или присоединяется снижение функции печени – нужна пересадка.

Другие осложнения болезней печени, не поддающиеся лечению, тоже служат показанием к пересадке: печеночная энцефалопатия, резистентный асцит, гепатопульмональный синдром, рецидивирующий бактериальный холангит и др.

Еще одно частое осложнение цирроза печени – гепатоцеллюлярный рак. В случае диагностики его на ранних стадиях пересадка является одной из лечебных опций.

Также существуют заболевания, не приводящие к нарушению функции печени, но ухудшающие качество жизни пациентов или приводящие к болезням других органов: поликистоз печени, амилоидоз, первичная гипероксалурия и др. В этих случаях пересадка может применяться, несмотря на отсутствие цирроза.